In questo luogo sorse, nei primi secoli dell’era cristiana (prima del 330 d.C.), una chiesa denominata ad fasciolas o fasciolae e dedicata al culto di San Pietro martire.
Una tradizione riferisce infatti che l'Apostolo Pietro, fuggendo dal carcere Mamertino, in questo luogo perdette la benda (appunto fasciola) che copriva le ferite prodotte al piede dai ceppi della prigionia.
Secondo la tradizione, basata sugli apocrifi Acta Petri, Pietro incontrerà Gesù sulla via Appia, a breve distanza da questa chiesa, nei pressi delle attuali Catacombe di S. Callisto.
Alla sua domanda: "Signore dove vai?" (Domine quo vadis?), il Signore risponde: «A Roma per essere crocifisso di nuovo». E Pietro comprende di esser chiamato a dare la sua vita a Roma come il Maestro.
Un’altra tradizione colloca l’episodio nel trasferimento di S. Pietro dal carcere al luogo del martirio nel 67 d.C.
Ai tempi di S. Gregorio Magno (590-604), la Chiesa fu dedicata ai Santi martiri Nereo ed Achilleo, ma mantenne nel nome il “Titulus fasciolae”.
Il luogo di costruzione era paludoso e malsano tanto che, sotto il pontificato dì Leone III (814), la vecchia chiesa era ormai completamente diroccata e affondata nel terreno.
Papa Leone III decise di abbattere la vecchia chiesa e farne costruire una nuova di maggior decoro e bellezza in una zona più stabile nei pressi .
Di questo periodo, resta oggi il mosaico dell'arco trionfale, che ancora si può ammirare.
Dopo un secondo periodo di abbandono, Papa Sisto IV (1471-1484), per il Giubileo del 1475, la restaurò ridimensionandola ed apportando alcune modifiche strutturali, come l’adozione dei pilastri in muratura al posto delle colonne.
Di nuovo seguì un periodo di degrado fino alla vigilia del Giubileo del 1600.
Il Card. Cesare Baronio, della Congregazione dell'Oratorio di Roma, fece istanza al Papa per averne il titolo cardinalizio con il proposito di riportarla a nuovo splendore.
Con un breve di Papa Clemente VIII del 29 giugno 1597, la chiesa venne assegnata in perpetuo alla Congregazione dell'Oratorio.
E' questa la data che segna la nuova storia della Basilica.
Il Cardinal Baronio profuse un grande impegno, portando a termine intensi lavori di ristrutturazione e di abbellimento, tra i quali il ciclo di affreschi che decorano tutte le pareti della chiesa.
I risultati di quest’opera sono ancora oggi sotto i nostri occhi.
